أ- قسم تخريج الآيات :
يسعى هذا القسم بتخريج كلّ الآيات الموجودة في المتن والنصّ الذي يخضع للتحقيق ، سواء تلك المذكورة بالنصّ أو بالإشارة إليها ، ويُشير إلى السورة ورقمها ، وإلى الآية ورقمها في تلك السورة من القرآن الكريم .

ب- قسم تخريج الأحاديث من المصادر :
يخرِّج هذا القسم كلّ الروايات المذكورة في الكتاب ، سواء التي ذُكِرت صريحة ، أو التي أُشير إلى مفادها والمستدلّ بها في النص ، وتخريجها بعد البحث عنها في المصادر الأم والأولية، وتثبيت العنوان الكامل الدقيق للمصادر التي تحتوي على تلك الروايات .

في هذه المرحلة تقوم اللجنّة بمقابلة النسخة المطبوعة والمصحّحة مع بقيّة النسخ الخطيّة ، وتثبيت موارد الاختلاف بورقة خاصّة تثبّت مع النسخة المطبوعة ، ولكلّ نسخة من تلك النسخ المأخوذة من المكتبات الخطيّة يوضع لها رمزاً يناسب مكان تواجدها عادةً ، فمثلاً للنسخة المأخوذة من مكتبة مجلس الشورى الإسلامي الإيراني يوضع لها رمز «م» ، وللنسخة المأخوذة من مكتبة العتبة الرضوية في مدينة مشهد يوضع لها رمز «ق» ، و هكذا سائر النسخ .

بعد أن تمّ تقطيع النصّ وتوزيع فقراته ، تُعطى النسخة لصف الحروف ، والتي تُطبع بأجهزة كومبيوترية حديثة وتستنسخ . ومن أجل مراعاة الدقّة في هذه المرحلة تُطابق النسخة الخطيّة مع النسخة المطبوعة ؛ لكي تُصلّح الأغلاط المطبعيّة إن وُجدت ، وتتهيّأ بذلك نسخة خالية من الأخطاء والاشتباهات لتكون تحت اختيار المحقّق .

بعد انتخاب الكتاب المراد تحقيقه يأتي دور لجنة جمع وتقييم النسخ ، فتبدأ هذه اللجنة بالبحث الواسع للعثور على النسخ الخطيّة لذلك الكتاب من خلال البحث في فهارس المكتبات الخطيّة، وتدوين عدد النسخ وأرقامها في قائمة خاصّة ، وبعدها تباشر هذه اللجنّة بتقييم النسخ الموجودة ، وانتخاب أفضل النسخ ؛ للاعتماد عليها في تحقيق الكتاب. ولهذا العمل ضوابط وموازين وملاكات خاصّة به يأخذها بنظر الاعتبار متخصّصين وخبراء هذه اللجنة . ومن أهمّ تلك الملاكات هي : النسخة الخطيّة الموجودة بخطّ المؤلِّف ، أو النسخة المقروءة على المؤلِّف ، أو النسخة المستنسخة في حياة المؤلِّف وعليها إجازة مؤيّدة لها ، أو النسخة المقابلة مع نسخة المؤلِّف ، أو أُسمعت عند العلماء ، أو أُحرزت صحّتها من قِبل المؤلِّف ، وكذلك تاريخ نسخها ، وهوية الناسخ ، أو الواقف لهذه النسخة ، فهذه كلّها أسباب مرجّحة، و لها تأثير كبير لقيمة النسخة .
ومن هنا حصلت المؤسّسة على نسخ خطيّة كثيرة ونادرة ، والتي يؤيّدها أهل الفنّ والفضل والعلم والتخصّص ، ومن النماذج لتلك النسخ التي يُمكن الإشارة إليها هي :
نسخ كتب : وسائل الشيعة ، مستدرك الوسائل ، مستند الشيعة ، رياض المسائل ، والتي كلّها حصلت عليها المؤسّسة بخطّ المؤلِّف ، وكذلك نسختان من كتاب الإرشاد للشيخ المفيد ، وهما من أنفس وأثمن النسخ الخطيّة الموجودة لهذا الكتاب .

لجنة الانتخاب :
إحدى المراحل المهمّة والحساسة في عملية التحقيق ، هي : مرحلة انتخاب الكتاب ، فإن في التراث الاسلامي ما هو غثٌ و ما هو سمين ، فلذلك ينبغي اختيار ما هو مفيد ويخدم الامة الاسلامية في تمسكها بعقيدتها ويبعدها عن الانحراف والرذيلة ، ويساعدها على التقدم والنمو ، ولهذا شكّلت المؤسسة لجنة من المتخصصين في الشريعة الاسلامية والخبراء في فن التحقيق ليختاروا بقدراتهم العلمية والفنية المصادر المهمّة التي تستحقّ التحقيق و تُُلّبي الاحتياجات العلميّة والثقافية للامة الاسلامية و إبعاد المصادر الاخرى التي لا تنسجم مع الاهداف .