أشهرها أبو الحسن ، وكُنّي أيضاً بأبي الحسين ، وأبي السِّبطَين.. وهما الحسن والحسين عليهما السّلام سِبطا رسول الله صلّى الله عليه وآله. والسِّبط الشجرة ذات الأغصان الكثيرة وأصلها واحد ، ويُكنّى به عمّن يَكثُر أولاده فيكون بمنزلة القبيلة.
كما يُكنّى عليه السّلام بأبي الريحانتَين ، وهما الحسن والحسين عليهما السّلام ، إذ قال النبيّ صلّى الله عليه وآله وسلّم له فيما أوصاه به قَبل وفاته : سلام عليك أبا الريحانتين ، أُوصيك برحانتَيَّ من الدنيا. كما كنّاه بأبي تراب ، لمّا رآه ساجداً معفِّراً وجهه في التراب ، وقال له يوماً : إجلس يا أبا تراب.. قال الراوي : واللهِ ما كان اسمٌ أحبَّ إلى عليّ عليه السّلام منه.