قال السيّد عليّ بن طاووس : إنّ مِن العجَب أن يبلغ طلب الدنيا بالعبد.. في الإقدام على قتل مولانا الصادق جعفر بن محمّد صلوات الله عليه بعد تكرار الآيات الباهرات ، حتّى يكرّر [ المنصور ] إحضارَه للقتل سَبعَ دفعات [ أو تسع مرّات ]... تارةً يأمر رزّام بن مسلم مولى أبي خالد أن يقتل الإمام وهو سلام الله عليه في الحِيرة ، وتارة يأمر باغتياله مع ابنه موسى بن جعفر ، حيث قال قيس بن ربيع : حدثني أبي الربيعُ قال : دعاني المنصور يوماً قال : أما ترى ذلك الذي يبلغني عن هذا الحُسَينيّ ؟! قلت : ومَن هو يا سيّدي ؟! قال : جعفر بن محمّد ، واللهِ لأستأصِلَنّ شَأفَتَه. ثمّ دعا بقائدٍ من قُوّاده فقال : انطَلِقْ إلى المدينة في ألف رجلٍ فاهجمْ على جعفر بن محمّد وخُذ رأسَه ورأسَ ابنهِ موسى في مَسيرِك .
وتارة يأمر بإحراق بيته ، وقد فعلوا. ثمّ لم يقنع بهذه الأفعال الشنيعة حتّى شَرِك في دمه وقَتلَه مسموماً بالعنب. فاستُشهد سلام الله عليه يوم الاثنين في الخامس والعشرين من شهر شوّال سنة 148 هجريّة ، وله من العمر 68 سنة ـ أو 65 سنة ـ متأثّراً بذلك السم الحادّ الذي دسّه إليه أبوجعفر المنصور الدوانيقي على يد عامله على المدينة محمّد بن سليمان.

مدفنه
قال المسعوديّ : ودُفن عليه السّلام بالبقيع مع أبيه [ الباقر عليه السّلام ] وجدِّه [ السجاد عليّ بن الحسين عليهما السّلام ] ، وقيل أنّه سُمّ. وعلى قبورهم في هذا الموضع من البقيع رُخامة مكتوب عليها : بسم الله الرحمن الرحيم ، الحمد لله مُبيدِ الأُمم ، ومُحيي الرِّمم ، هذا قبرُ فاطمة بنتِ رسول الله صلّى الله عليه وآله سيّدة نساء العالمين ، وقبر الحسن بن عليّ بن أبي طالب ، وعليّ بن الحسين بن عليّ بن أبي طالب ، ومحمّد بن عليّ ، وجعفر بن محمّد رضي الله عنهم .
وربّما المقصود بـ ( فاطمة ) في الخبر هذا هي فاطمة بنت أسد رضوان الله تعالى عليها أُمّ أمير المؤمنين عليّ عليه السّلام.
وقد رُوي عن عيسى بن داب قال : لمّا حُمِل أبو عبدالله جعفر بن محمّد عليهما السّلام على سريره ( أي : تابوته ) وأُخرج إلى البقيع ليُدفن ، قال أبو هريرة الأبّار العِجليّ :

أقـولُ وقـد راحوا بـه يَحمِلونَهُ أتَدرونَ ماذا تَحمِلونَ إلـى الثَّرى غداة حثا الحاثون فوقَ ضـريحه

على كاهِلٍ مـن حـامِليهِ وعاتق ثَبيراً ثَوى مِن رأسِ علَياءَ شاهِق تُراباً.. وأولى كان فوق المَفارِقِ

ثبير : اسم جبل. المفارق : جمع لمفرق الرأس) (9).
وكان للإمام الصادق عليه السّلام قبر إلى جانب قبور آبائه وأجداده عليهم السّلام في البقيع عليه قبة وله مزار يُزار ، حتّى الثامن من شوّل سنة 1344 هجريّة ، إذ هُدّمت ظُلماً ، لمحو آثار بيت الوحي والرسالة ، وطمس ذكر آل النبيّ الكرام عليه وعليهم أفضل الصلاة والسّلام.