يقترن اسم النجف الاشرف بالجامعة الاسلامية ـ التي يصطلح عليها بالحوزة العلمية لدى الشيعة ـ والتي يمتد تاريخها إلى ما يقارب ألف سنة، فقد دشن الدراسة فيها الشيخ أبو جعفر محمد بن الحسن الطوسي المتوفى سنة 460 هـ، بعد أن اضطر للهجرة إليها من بغداد عام 448 هـ، إثر الاضطهاد الذي تعرض لـه على أيدي السلاجقة. ومنذ ذلك التاريخ أضحت النجف حاضرة علمية تحتضن طلاب العلوم الإسلامية المهاجرين إليها من شتى أقطار العالم و بطبيعة الحال شهدت هذه المدينة الضاربة في القدم عدداً من المكتبات و المؤسسات و المعاهد والاندية العلمية عبر تاريخها الطويل.
فارتأت مؤسسة آل البيت (عليهم السلام) ان تكون حاضرة في هذه الحاضرة العلمية العريقة من خلال تأسيس فرع لها في تلك المدينة المقدسة ، وقد تم افتتاح هذا الفرع بتاريخ 17 ربيع الاول 1425 هجرية.
وقد اخذ على عاتقه المساهمة الفاعلة في بناء المجتمع المدني الصالح المرتكز على القيم الاسلامية وفق منهج آل البيت بناءً حضارياً مستوعباً شتى مرافق الحياة الضرورية بحسب امكانياتها المتيسرة.
وقد كان لفرع المؤسسة في النجف الاشرف المساهمة في تحقيق وتصحيح امهات مصادرنا الاسلامية والتي تزخر بها خزائن المخطوطات في كافة أرجاء المعمورة ، فأخذت على عاتقها أن تخرجها من غبار الرفوف الى عالم النور والمعرفة بالبحث العلمي الرصين .
ان عرض مصنفات علمائنا الاعلام بحُلّة جديدة محققة مساهمة جادة في ابراز شموخ مدرسة آل البيت وقيمها الرفيعة، كما ان استقطاب ومشاورة ذوي الخبرة والاختصاص ، وتنمية المواهب العلمية الفنية خطوة رائدة نحو كيفية أرقى وعطاء متواصل.
وقد اضطلع هذا الفرع بتحقيق عدد من الكتب وهي:

1- الحماسة ذات الحواشي
تأليف : السيد الامام أبي الرضا فضل الله بن علي بن عبيد الله الحسني الراوندي (ت 571 هجرية)
و هو قيد التحقيق.

2- مقابس الانوار ونفائس الاسرار في احكام النبي المختار وعترته الاطهار
تأليف : الشيخ أسد الله ابن الشيخ اسماعيل ابن الشيخ اسد الله التستري (ت 1237 هجرية).
وهو قيد التحقيق .

3- الحصون المنيعة في طبقات الشيعة
تأليف : الشيخ علي بن الشيخ محمد رضا ابن الشيخ موسى (حدود 1238 – 1350 هجرية).
وهو قيد التحقيق .
ومن نشاطات المؤسسة ايضاً المشاركة في المؤتمرات العلمية والحوزوية التي تقيمها الحوزة العلمية والجامعات والمعاهد الاكاديمية ومعارض الكتاب والمهرجانات.