من المحتمل قويّاً انّ القرآن الذي جاء به علي عليه السلام كان نفس هذا القرآن وبنفس الترتيب في الآيات والسور لكنّه كان يشتمل على التفسير والتأويل وأسباب النزول وتطبيق الآيات على مصاديقها الواقعيّة ونحو ذلك ، فلم يقع مورد القبول من قبل القوم الغاصبين للخلافة.مثلا آية التطهير هي قوله تعالى : ( إِنَّمَا يُرِيدُ اللَّهُ لِيُذْهِبَ عَنكُمُ الرِّجْسَ أَهْلَ الْبَيْتِ وَيُطَهِّرَكُمْ تَطْهِيرًا ) [ الأحزاب : ٣٣ ] ، وفي القرآن الذي جاء به علي عليه السلام كانت هذه الآية موجودة لكن مع شرح وتفسير وبيان المراد من أهل البيت الذين هم علي وفاطمة والحسن والحسين والأئمّة من ولد الحسين عليهم السلام.أو الآية : ( إِنَّمَا وَلِيُّكُمُ اللَّهُ وَرَسُولُهُ وَالَّذِينَ آمَنُوا الَّذِينَ يُقِيمُونَ الصَّلَاةَ وَيُؤْتُونَ الزَّكَاةَ وَهُمْ رَاكِعُونَ ) [ المائدة : ٥٥ ] ، نزلت في علي عليه السلام باتّفاق المفسّرين من السنّة والشيعة حيث تصدّق بخاتمه على السائل وهو في حال الصلاة ، فمن الممكن انّ هذا التطبيق كان في قرآن علي عليه السلام ، وكان فيه معنى الولاية الثابتة لعلي عليه السلام التي هي نفس ولاية الله تعالى ورسوله على المؤمنين.وهكذا تحمل كلّ رواية يظهر منها وقوع النقيصة في القرآن على انّ النقيصة كانت في غير آيات القرآن بل في شأن النزول والتفسير ونحو ذلك.