إنّ إحدى المراحل المكمّلة لتحقيق المتون ، والتي لها أهميّة كبرى ، وتعتبر المفتاح الأصلي للاستفادة من المتن والمصدر المحقّق ، هو استخراج فهارس الأعلام ، والأماكن ، والكتب، والمجلات والمقالات ، والآيات ، والأحاديث ، والأشعار ، والأمثال وبقيّة الفهارس الفنيّة الأُخرى التي لها الأثر المهمّ في ميزان الاستفادة من ذلك الأثر المحقّق .
وتكتب الفهارس المختلفة حسب التوصيّة وما يحتمله الكتاب المحقّق من قِبل هذه اللجنة ، وتراجع هذه الفهارس وتطبّق ويُعاد النظر بها عدّة مرّات .
ومن البديهي أنّ الفهارس المختلفة لها علاقة مباشرة بالكتاب المحقّق ، وتوضع حسب الضرورة والحاجة فهي في بعض الكتب كثيرة ، وفي البعض الآخر قليلة ، فمن باب المثال أنّ أحد الكتب يحتاج فقط إلى فهرس الأماكن ، في حين أنّ غيره لا يحتاج إلى مثل هذا الفهرس .
ولكن بصورة عامّة نستطيع القول بأنّ هذه الفهارس الفنيّة مهمّة للكثير من الكتب ، وهذه الفهارس تشمل :
الآيات القرآنيّة ، الأحاديث ، الأشعار ، الأمثال ، والأماكن ، الأعلام ، أسماء الحيوانات ، الملابس ، الاصطلاحات الأُصوليّة ، اللُّغويّة ، القواعد الفقهيّة والأُصوليّة ، الآيات التفسيريّة ، المعاني اللُّغويّة ، والحوادث والحروب ، التراجم الرجاليّة ، مصادر المؤلِّف ، ومصادر التحقيق و ...

مقدّمة الكتاب :
بعد الانتهاء من كلّ مراحل التحقيق يكون العمل قد جهّز للطباعة النهائية ، فحينئذ تقوم رئاسة المؤسّسة أو أحد الأشخاص الذين كان له الإشراف على مراحل ذلك العمل بكتابة مقدّمة جامعة وكاملة وشاملة للكتاب ، وبما أنّ المقدّمة هي الباب الأوّل في الدخول إلى الكتاب ، فينبغي مراعاة الدقّة اللازمة فيها بالإشارة إلى الموارد التي توضّح المطالب المختلفة للكتاب والهدف من تحقيقه ونشره .
وينبغي للمقدّمة ـ إضافة إلى الصورة الواضحة لمطالب الكتاب ـ أن تحوي ترجمة مبسّطة دقيقة لمؤلِّف الكتاب ، مكوّنة من : سيرة حياة المؤلِّف الكاملة منذ ولادته إلى وفاته ، وعائلته ، وتحصيله الدراسي ، وأساتذته ، وطلاّبه ، ومؤلّفاته ، وخدماته العلميّة ، والثقافيّة ، والاجتماعيّة ، والسياسيّة ، وأقوال العلماء في المؤلِّف والكتاب .
ومن المطالب الأُخرى التي ينبغي أن تحويه المقدّمة هو بحث تأريخي لموضوع الكتاب والأرضيّة التي بلورت موضوع الكتاب ، والتطورات التاريخيّة التي رافقت ذلك الموضوع منذ نشوءه إلى أن وصل إلى عصر المؤلِّف ، فمثلاً مقدّمة كتاب جامع المقاصد للمحقّق الكركي ، والذي حُقِّق وطُبع ونُشر بأربعة عشر جزءاً من قِبل المؤسّسة ، تناولت مقدّمته مراحل فقه أتباع أهل البيت والتطورات التي طرأت عليه عبر القرون من زمن النبيّ (صلى الله عليه وآله) والأئمّة المعصومين (عليهم السلام) إلى عصر المؤلِّف ، وحتّى عصرنا الحاضر .
أو في مقدّمة كتاب مستدرك الوسائل للمحدِّث النوري ، فهو مصدر آخر حُقِّق من قِبل المؤسّسة ، والذي طُبع ونُشر بثمانية عشر جزءاً ، احتوت مقدّمته على بحث في كيفيّة وجود الحديث ومراحل تدوينه والظروف والعوامل التي كانت لها الدور الأساس في إهمال وإسقاط الحديث وتحريفه.
كذلك يجب أن تحوي المقدّمة الأُسلوب والطريقة التي حُقِّق بها الكتاب ، ومراحل تحقيق ، والإشارة إلى اللِّجان والأشخاص الذين كان لهم الدور المؤثّر في تحقيق وتهيئة الكتاب ، وذكر النسخ الخطيّة المعتمدة في تحقيق وتصحيح الكتاب .
وواضح جدّاً عمل ضخم مثل هذا يحتاج إلى تعاون كبير من قِبل كلّ اللّجان المعنيّة بالتحقيق في المؤسّسة ، وهذه الروح التعاونيّة الأخويّة أثمرت إلى الآن تحقيق مصادر مختلفة كثيرة في المؤسّسة ، حيث استطاعت مؤسّسة آل البيت (عليهم السلام) أن تحصل على هذا التوفيق المهمّ .